Il primitivo nucleo della Chiesa di Sant’Eufemia risale a prima dell’anno Mille.
Solo dopo il 1100, però, il tempio trovò la sua definitiva sistemazione e importanza. Con il reperimento delle spoglie della martire Eufemia si innescò il processo decisivo per l’avvio della ristrutturazione dell’edificio, all’epoca officiato dai canonici claustrali di Sant’Agostino, che vide la consacrazione nel 1108; al complesso chiesastico rimase annesso per secoli un monastero, che nel 1491 fu ceduto ai canonici regolari agostiniani e nel Seicento ai Canonici di San Salvatore, che lo gestirono sino alla soppressione del 1805 (permangono importanti strutture del contesto monastico). A quegli anni si deve, infatti, far risalire il portico snello, poggiante su pilastri ornati da preziosi capitelli romanici.
L’interno è a tre navate, con volte a crociera, pilastri cruciformi e absidi semicircolari. Qui si conserva un pezzo di mosaico con figura di drago (sec. XII), parte dell’antica pavimentazione musiva distrutta nel corso del Seicento quando fu abbassata la tribuna della chiesa (1652) e fu realizzato il coro (1658). Tra i dipinti si segnala il quadro ad olio su tavola attribuito a Cesare Cesariano del 1512, raffigurante la Madonna con Gesù Bambino e quattro Santi, tre dei quali sono Eufemia, Vittore e Sostene.
Il cotto predomina in tutto l’edificio.
Secondo tradizione in questa chiesa volle essere sepolto il vescovo Aldo, ma i suoi resti non vennero mai ritrovati. Durante gli scavi riemersero, invece, le spoglie di Santa Eufemia.
