Il piccolo museo è allestito all’interno del chostrino, ed è ricco di testimonianze storiche ed artistiche di notevole interesse.
Le opere d’arte presentate derivano per lo più dalla Collegiata, dai restauri ivi operati nei primi decenni del XX secolo; alcune sono state prelevate da altre chiese e conventi del territorio, ora non più funzionanti. Vi troviamo due veli eucaristici bizantini del XIII secolo, un polittico degli inizi del XV secolo, la “Natività ” di Cristoforo Caselli, una splendida croce astile quattrocentesca dell’orafo bergamasco Bartolomeo Zucconi. Sono inoltre visibili alcuni dipinti ad olio.
Il Museo contiene la celebre mantellina del Papa Paolo III Farnese donata nel 1543