Il Santuario in vetta al Monte Penice venne fondato in epoca altomedievale. Nel 622, il re longobardo Adiuvaldo e la madre Teodolinda, venuti a Bobbio a visitare la tomba di Colombano (m. 615), salirono al Monte Penice. E’ possibile che sulla montagna vi fosse testimonianza dei momenti di solitudine e di rigida astensione dal mondo del monaco irlandese. Secondo una leggenda, infatti, sarebbe stato fondato dal Santo Monaco poco prima di trovare la morte il 23 novembre 615.
Sembra, invece, che l’edificio del Santuario del Monte Penice sia stato costruito su di un tempio pagano celtico-ligure. Infatti, qui venne rinvenuta una statuetta bronzea che raffigura un sacerdote pagano, risalente al I-II secolo (oggi conservata nel castello di Montegalletto a Genova). La prima testimonianza certa dell’esistenza di un luogo di culto sulla vetta del Monte Penice risale, però, al settimo decennio dell’XI secolo. L’antico titolo della chiesa era quello della «Madre di Dio», che in seguito si fuse con quello del «Nome di Maria».
La festa annuale del Santuario, secondo l’antica consuetudine, si celebra al finire dell’estate (seconda domenica di settembre).
Per molti secoli la chiesa di S. Maria in Penice appartenne al monastero di San Colombano. Solo sul principio del XIX secolo passò alla diocesi di Bobbio. Da quel momento, il santuario divenne il principale centro di culto mariano della diocesi.
Salire al Santuario nelle belle giornate regala un panorama su tutta la catena delle Alpi e degli Appennini, sorvolando con lo sguardo la pianura Padana.