La Ex Chiesa delle Benedettine e l’omonimo convento furono edificati per volere del duca Ranuccio II Farnese. Si trattava di un voto fatto per la guarigione della terza moglie, Maria d’Este.
Il complesso è opera dell’architetto Domenico Valmagini e risale al 1677. Valmagini (1649-1730) operò come architetto e ingegnere presso la corte di Ranuccio II Farnese, realizzando soprattutto edifici religiosi in stile barocco come la ex Chiesa di S. Ludovico a Parma.
Le religiose benedettine vi si stabilirono solo dal 31 agosto del 1681.
Il convento originario comprendeva una “chiesa pubblica”, una “chiesa delle monache” e una serie di fabbricati che si estendevano lungo il cantone dei “Buffalari”, articolati in tre cortili. Si accedeva al cortile maggiore anche da via delle Benedettine.
Del convento e dei chiostri vicino alla chiesa non rimangono tracce visibili, a causa degli interventi napoleonici e della conseguente chiusura, avvenuta nel 1810.
La chiesa e il convento passarono al Demanio dello Stato che usò il complesso per finalità di difesa.
Alla fine degli anni Novanta, la Soprintendenza per i Beni Culturali di Bologna ha sottoposto l’edificio religioso a una serie di restauri conservativi, che ne hanno salvato la configurazione originaria.
Nel 2007 il Ministero della Difesa ha dismesso dall’uso governativo l’ex Chiesa delle Benedettine.